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针对传统船摇隔离度测试方法效率低、误差大、操作复杂、且不能有效解决扰动跳变的不足，对船摇隔离的基本原理进行了分析，建立了梯度型最小二乘滤波模型，提出了基于梯度型最小二乘滤波算法对测量数据进行滤波处理，利用VC＋＋编程实现对船摇隔离度的自动化测试，并在船舶生摇的条件下进行船摇隔离度的测试分析；对比传统方法测试结果表明，该方法能有效滤除测量数据中的随机误差，较大程度地降低了扰动跳变的抖动量，提高了伺服系统船摇隔离度的测试精度。