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2013年,崔永元与学术打假专家方舟子在网络上对转基因展开大辩论;2014年,因制作的转基因纪录片受到抨击,崔永元邀辩农业大学校长柯炳生;2015年,崔永元在复旦大学新闻学院发表题为"班门弄斧转基因"的演讲,与该校生命科学学院教授卢大儒展开了激烈争论。因崔永元身份的特殊性,网民不断跟进,进一步引发了民众对转基因的不安。