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目的：建立一种同时鉴别九里香药材两基源九里香Murraya exotica和千里香M. paniculata的DNA分子鉴别方法。方法：通过比较九里香、千里香的叶绿体基因组序列差异，根据叶绿体基因组上的核苷酸多态性（SNP）变异位点分别设计九里香和千里香的特异性鉴别引物P03和P04，对影响聚合酶链式反应（PCR）结果的退火温度、循环次数、引物浓度比进行优化，建立了九里香和千里香的多重位点特异性PCR鉴别方法，并对影响该方法重复性的Taq酶种类、PCR仪型号进行耐受性考察和适用性考察。结果：在该多重位点特异性PCR鉴别方法中，当PCR反应循环数为31，退火温度为60 ℃，九里香P03和千里香P04引物比为1:2时，九里香可获得约330 bp的特异性条带，千里香可得到约230 bp的特异性条带，不同来源的九里香和千里香样品使用建立的多重位点特异性PCR鉴别方法均可获得一致结果。结论：该文建立一种快速、准确鉴别九里香药材基源的多重位点特异性PCR鉴别方法，可在单次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别九里香和千里香。