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中草药作为中国传统中医特有药物已有上千年的历史,然而对中草药资源关键生物学过程中的功能基因挖掘却刚刚起步。lncRNA功能研究越来越引起人们的重视,结合RNA-seq技术研究中草药转录组中lncRNA功能,有望揭示中草药的生长、发育、代谢等生物学过程中的分子机制。综述了RNA-seq高通量测序及在中草药转录组测序中的应用策略,简述了lncRNA主要生物学功能及分析方法,并对RNA-seq技术和lncRNA生物信息学分析方法中存在的问题进行了简要讨论。