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针对目前信号相位差消除主要针对理想信号，通过比较离散傅里叶变换算法（DFT）和自相关函数算法对信号相位差消除的优劣性，提出了一种改进的DFT法．该法通过反求误差来对信号进行非整数倍的重采样以提高采样频率，减小误差．仿真试验表明，改进的DFT法可以克服原始信号中的噪声干扰和谐波干扰，对实测非触发采样信号进行相位差消除达到了较好的效果．