【摘 要】
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目的 筛选儿童哮喘中重要的微小RNA (miRNA)及其靶基因.方法 从基因表达数据集(GEO)数据库中下载儿童哮喘基因芯片数据集GSE120172,用R语言软件对差异表达的miRNA(DEM)进行分析.利用miRDB、rniRTarBase和TargetScan三个在线工具预测DEM的潜在靶基因,并用R软件包clusterProfiler对靶基因进行注释.然后,利用STRING和Cytoscape软件构建蛋白质·蛋白质相互作用(PPI)和miRNA-hub基因网络.最后,使用CTD数据库进一步验证hub
【机 构】
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天津医科大学研究生院,天津300070;天津市儿童医院呼吸科,天津300074;天津市儿童医院呼吸科,天津300074
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目的 筛选儿童哮喘中重要的微小RNA (miRNA)及其靶基因.方法 从基因表达数据集(GEO)数据库中下载儿童哮喘基因芯片数据集GSE120172,用R语言软件对差异表达的miRNA(DEM)进行分析.利用miRDB、rniRTarBase和TargetScan三个在线工具预测DEM的潜在靶基因,并用R软件包clusterProfiler对靶基因进行注释.然后,利用STRING和Cytoscape软件构建蛋白质·蛋白质相互作用(PPI)和miRNA-hub基因网络.最后,使用CTD数据库进一步验证hub基因与哮喘之间的相关性.结果 共筛选出24个DEM,其中18个上调,6个下调,并预测到297个靶基因.基因本体论(GO)分析结果显示,靶基因在生物学过程中主要涉及上皮细胞增殖、细胞间连接,细胞组分主要与质膜、膜的组分有关;分子功能包括GTP酶活性、受体结合.京都基因与基因组百科全书(KE GG)通路显示,靶基因主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PDK-AKT)信号通路、叉头盒O(FoxO)信号通路.根据网络分析,miR-22-3p、miR-625-5p为重要的下调分子,miR-206、miR-200b-3p、miR-548at-5p、miR-193a-3p和miR-935是儿童哮喘相关的重要上调miRNA,细胞周期蛋白D1(CCND1)、去乙酰化酶1(SIRT1)、组蛋白去乙酰化酶4(HDAC4)等15个潜在靶基因是筛选出的关键基因.结论 筛选出7个在儿童哮喘的发生发展中有潜在作用的DEM及其靶基因.
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