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通过对马坑铁矿矿区控矿构造的剖析及开采过程对矿床成因的新认识，认为马坑铁矿为典型的矽卡岩构造控矿矿床。矿床发育着一套海进式的沉积建造地层，该套地层受后期热液蚀变改造从而形成此矿床。矿床层控构造的标志较为明显，并且受区内褶皱、断裂构造的控制。矿床在海西早期的构造动力条件与整个闽西南区域性的主体构造动力条件不同，并且经历过明显的同沉积构造变动。