【摘 要】
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目的 筛选孕中期羊水游离RNA转录组中心脏发育相关的共表达关键基因.方法 以正常孕妇羊水游离RNA的芯片检测结果为基础,利用加权基因共表达网络分析,建立共表达网络模块.在心脏中表达量高于机体平均表达量10倍的基因作为心脏特异性基因,通过对各共表达模块中的基因进行筛选,建立心脏特异的共表达模块.对心脏特异性共表达模块中的基因进行GO分析,探究各个共表达模块的功能.利用基因间相互作用和基因在羊水游离RNA中的表达量筛选心脏特性共表达模块中的关键基因.结果 研究中利用加权基因共表达网络分析共建立16个共表达模块
【机 构】
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首都医科大学附属北京妇产医院/北京妇幼保健院,北京100026;首都医科大学基础医学院医学遗传学与发育生物学系,北京100069
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目的 筛选孕中期羊水游离RNA转录组中心脏发育相关的共表达关键基因.方法 以正常孕妇羊水游离RNA的芯片检测结果为基础,利用加权基因共表达网络分析,建立共表达网络模块.在心脏中表达量高于机体平均表达量10倍的基因作为心脏特异性基因,通过对各共表达模块中的基因进行筛选,建立心脏特异的共表达模块.对心脏特异性共表达模块中的基因进行GO分析,探究各个共表达模块的功能.利用基因间相互作用和基因在羊水游离RNA中的表达量筛选心脏特性共表达模块中的关键基因.结果 研究中利用加权基因共表达网络分析共建立16个共表达模块,在Human Protein Atlas数据库中筛选到159个心脏特异性基因.在blue、 brown、green及turquoise心脏特异性模块中富集到心肌细胞分化、心脏形态发育、心肌组织发育、心脏传导、心脏收缩、心脏收缩调节、心率调节及心肌纤维组装等过程相关的基因属性分类.通过分析基因间相互作用及基因在孕中期的平均表达量发现,blue模块(TNNC1、FABP3、TNNI3、MYOM3及BMP10)、brown模块(MYL4、NPPA、NPPB、GJA3、HRC、DHRS7C及HSPB3)、reen模块(MYH、MYH7B及.NKX2-5)及turquoise模块(POPDC2、NEBL、CDH2、TCAP、MYL7、TPM1、XIRP1、HCN、CASQ2及KCNA5)共25个关键基因.结论 本研究获得了心脏发育密切相关且具有共表达关系的关键基因,可作为潜在的产前诊断中监测心脏发育的标志物.
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