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在Markov模型的基础上,提出了状态空间上合并映射的概念,以及合并过程下转移概率的计算方法。在已有氨基酸分类方法的基础上,结合Markov模型的概率转移矩阵,对氨基酸连接的偏好性进行了研究。结果表明:同一家族的蛋白质序列的氨基酸连接具有一定的偏好性,这种偏好性与氨基酸的分类有关,从而进一步说明了分类的科学性,同时这种偏好性对氨基酸序列的预测具有一定的作用。