潘光旦学贯中西，性情温和。早年，宁可自己受委屈，也要想方设法保护爱国学生。
　　1935年，“一二·九”运动爆发，大批反动军警闯入清华大学逮捕进步学生。有传言说，是教务长潘光旦向警方提供的名单，他因此而受到不明真相学生的围攻。后来证实，消息来自于别有用心之人的造谣。事后，忍辱负重的潘光旦告诉得意门生钱伟长：“我对你说实话吧，你听听就行了，别到处传播。你们的爱国热情，学校很清楚，我更不会反对。但是，鉴于目前的形勢，万不能公开给予支持。我个人做不做官，哪怕连书都没的教，那都是小事，如果因为处理方法不当而害了一大批年轻人，那才是莫大的罪过！请相信，我会以我的方式来保护你们！”
　　其实，潘光旦本就是一个坚定的爱国主义者。五四时期，他就担任负责各种文件与宣传品起草的学生代表团的中文书记。1921年6月，就因坚决支持李大钊，哪怕是被剥夺出国留学的机会也不悔改，甚至一度被开除学籍。
　　基于此，一旦学生闹得太凶，迫于国民政府的压力，他不得不公开表态：“作为国立大学的教务长，我必须服从上级的指令，如果你们再不听话，我只好公事公办了！”为此，他还真的开除了两任学生会主席。上边虽然一直怀疑他阳奉阴违，而又见其对学生动了真格的，也就无话可说。事实上，他在开除学生之前，早就替他们安排了新的出处。而当反动军警再次突然包围清华园时，他们做梦也不会想到，几位学生领袖就藏在潘光旦家的阁楼里。
　　为了保护学生，潘光旦煞费苦心，最终赢得了尊重和爱戴。但是，他最终也为此付出了代价，由教务长降职为图书馆长，对此，他甘之如饴。梁实秋评价他说：“其为人也，外圆内方，人皆乐与之游。”