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目前,人们对有限责任公司整体变更为股份有限公司时所涉及的自然人股东缴纳个人所得税问题存在争议,争议的焦点在于,在公司整体变更过程中,自然人股东是否有应税所得,以及如何缴纳个人所得税。通过对整体变更前后公司实收资本和股东持股数量变化的分析可以看出,应根据自然人股东持股数量增加的来源构成确定其应税所得和个人所得税的金额,以进一步完善自然人股东的个人所得税制度。