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针对单元制造系统的长期稳定运行和提高可实施性的问题，提出了一种采用遗传算法的解决方案。在将企业长期计划分解成多个阶段序列任务的基础上，考虑零件加工工艺、设备加工能力、任务交货期等约束，以最低生产成本、最快完工时间、最佳生产线利用率等优化目标为指导，采用遗传算法对不同时间节点下的制造单元重构方案进行组合优化，实现了制造系统的快速合理重构，导出了设备集合和瓶颈解决方案。最后，通过实例验证了算法的有效性。