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为合理地对大规模网络联盟企业进行合作伙伴的选择，提出了一种分阶段的伙伴选择算法．将伙伴选择过程分成粗选和最后决策两个阶段．在粗选阶段，考虑各子任务之间的约束，利用成本最小原则建立了该问题的数学模型，用遗传算法对所建立的模型进行求解，得到一组解，缩小了选择的范围；在决策阶段，进行综合决策分析，考虑多个影响因子，利用专家的经验从缩小的范围内确定出合适的合作伙伴．该方法利用数学和经验知识解决了大规模的伙伴选择问题．