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秸秆还田能调节土壤微生物群落结构和多样性,微生物多样性和群落结构一定程度上反映农田生态系统基本情况.目前长期保护性耕作和秸秆还田土壤微生物群落结构和多样性研究较多,并形成一致结论.认为长期保护性耕作能改善土壤微生物群落结构,提高土壤微生物多样性.然而,短期玉米秸秆还田土壤微生物群落结构和多样性研究尚未形成一致的结论.Jackson等和Minoshima等研究皆表明短期耕作改变了土壤细菌和真菌生物量.但也有部分研究指出短期耕作并未影响微生物群落结构和多样性.玉米秸秆旋耕还田和深翻还田增加10-30cm土层细菌多样性和相对丰度;秸秆深翻还田提高土壤纤维素降解菌、固氮、解磷、解钾功能细菌多样性。