金元时期，随着儒学一统的局面被打破，学术思想活跃起来，孕育了金元四家的相继崛起。金元四家的刘、张、李、朱，前后延续百年。他们在各自的历史背景下和地理环境中，认真总结临床经验，创立了各自独具特色的治法，并且开创了百家争鸣的学术局面。金元四家的学术思想都以《内经》为本，以《伤寒论》为用，并在理论与实践中，力图将《伤寒论》纳入《内经》的体系。然而，古代的医经医学和经方医学原本是各自独立的体系，循环思辨的五运六气与古朴实证的《伤寒论》油水不溶。金元四京都采用《伤寒论》的治法和处方，并且在临床上取得成效，但是他们却总是在其临床经验上冠以《内经》的理论，而未能在医学理论上做出突破。１８、１９世纪的中外医学家，继承金元四家的学术争鸣思想，扬弃了《内经》为本，《伤寒论》为用的研究方法，从研究《伤寒论》的章句入手，取得了《伤寒论》研究的新成果。