【摘 要】
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目的 以树鼩为研究模型,探讨野生树鼩与人工繁育树鼩不同肠段的菌群组成.方法 分别收集3只健康野生及人工繁育树鼩七个胃肠段样本,提取细菌总DNA,采用高通量测序技术对16S rR
【机 构】
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中国医学科学院/北京协和医学院医学生物学研究所,云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明 650118
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目的 以树鼩为研究模型,探讨野生树鼩与人工繁育树鼩不同肠段的菌群组成.方法 分别收集3只健康野生及人工繁育树鼩七个胃肠段样本,提取细菌总DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因的V3-V4高变区测序,分析比较菌群结构及多样性.结果 不同肠段Alpha指数多样性分析显示野生组与人工繁育组树鼩在盲肠和胃Shannon指数存在显著差异(P<0.05).野生组与人工繁育组各肠段微生物组成存在较大差异,门水平上,野生组直肠、结肠、盲肠及胃四个部位中Firmicutes菌门的平均占比显著高于人工繁育组(P<0.05);人工繁育组直肠、结肠、盲肠及回肠内Spirochaetes菌门的平均占比显著高于野生组(P<0.05);野生组直肠内Bacteroidetes菌门的平均占比显著高于人工繁育组(P<0.05);属水平上,野生组明显高于人工繁育组的主要菌属为:回肠、空肠和胃内的Weissella菌属,直肠内的Bacteroides菌属以及回肠段内的Lactococcus菌属;人工繁育组明显高于野生组的主要菌属为:直肠、结肠、盲肠及回肠内的Brachyspira属,盲肠和胃内的Prevotella 9菌属,盲肠和空肠内的Streptococcus属以及回肠中的Lactobacillus菌属.不同肠段菌群功能基因预测显示两组共有5个解剖部位17个基因类别之间的差异有统计学意义(P<0.05).结论 野生树鼩与人工繁育树鼩各肠段菌群组成差异较大;各肠段细菌功能差异较大,且与其生理功能、饮食结构有一定关联;在肠道菌群研究中,应充分考虑粪便样品微生物的组成是否能够完全代表肠道微生物的组成.
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