【摘 要】
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利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理，对DNA序列进行比较．DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列，将其视为一个马尔可夫链，取状态空间I={A，T，C，G}，使用二阶转移概率矩阵来描
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利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理，对DNA序列进行比较．DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列，将其视为一个马尔可夫链，取状态空间I={A，T，C，G}，使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列，得到DNA序列的特征值，进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量，得到能够对DNA序列进行比较的新方法，并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类，通过加权相对熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰，准确度更高．
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