1997年刑法将国家机关作为单位犯罪主体以来,弊端丛生,问题众多。实证研究显示,案件数占比很小但容易引发舆情,犯罪主体绝大多数系地方行政机关也有个别地方司法机关,罪名绝大多数系职务犯罪但也包含经济犯罪,处理方式多样化且量刑轻缓化。国家机关单位犯罪的困境体现在犯罪论层面,将国家机关作为单位犯罪主体缺乏充足法理依据,单位犯罪与自然人犯罪的区分标准存在固有缺陷,域外立法也无类似可资借鉴先例;在刑罚论层面,对国家机关判处刑罚难以执行,对直接责任人员按照单位犯罪处理可能轻纵犯罪,实施行政处分可以达到应有效果。为了深入贯彻习近平法治思想,不断推进社会主义法治建设,必须对国家机关单位犯罪予以变革,在政策上否定国家机关单位犯罪,从而促进国家治理现代化、顺应时代发展变化、弥补立法缺陷、解决司法难题;在法律上取消刑法中国家机关单位犯罪的规定,在刑法修改前采取撤回起诉、变更起诉、宣告无罪、变更罪名等司法能动措施,以保证刑法实施效果符合法治中国建设的现实需要。