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哲学是科学之父,科学都以一定的哲学思想为基础。现代科学体系源于西方古典哲学,因此了解中西古典哲学思想有助于回答李约瑟之谜。古希腊文化是西方科学传统的较早源头。以定义、公理、假设为基础的逻辑思想和探究物质本质与结构的原子论,都促进了西方科学的发展。然而"气"所反映的非粒子性和整体性以及中国悟道思想所基于的实践性,则阻碍了科学进入实验阶段。