研究高原湖泊沉积物和水体细菌群落结构的差异对于水生态治理与保护具有重要的科学意义。本文选取青藏高原中东部共19个湖泊为研究对象，采集沉积物和水体样本，使用高通量测序技术和统计分析，解析湖泊沉积物和水体细菌群落结构、空间分布特征、共发生网络模式、群落构建过程的差异及其原因。研究结果表明沉积物细菌群落alpha多样性指数（Chao1丰度指数、Shannon多样性指数、PD系统发育指数和Pielou均匀度指数）均显著高于水体细菌群落（P ＜ 0.001）。沉积物和水体细菌的优势门均为Proteobacteria（相对丰度占比为45.33%和41.77%），而水体细菌群落结构具有较强的空间异质性。主坐标分析和相似性分析结果表明沉积物和水体中细菌群落结构差异极显著（R = 0.645，P = 0.001），海拔和纬度分别是高原湖泊沉积物和水体细菌群落结构变化最显著的驱动因子。沉积物和水体细菌群落均具有明显的距离衰减模式，而沉积物细菌比水体细菌群落在空间上的周转率小。采样湖泊沉积物细菌群落共发生网络复杂度和稳定性高于水体细菌。沉积物和水体细菌群落的平均归一化随机率值分别为0.24和0.72，表明确定性过程在沉积物细菌群落构建的过程中起到了重要的作用，而水体细菌群落的主导构建过程为随机性过程。本文在高原湖泊沉积物和水体中细菌群落特征、空间分布模式、生态网络稳定性、群落构建过程及其差异方面的研究，为深入理解高原湖泊细菌多样性和群落结构形成机理提供了科学支撑。