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针对于多自由度线性复合随机结构的随机自振特性分析，提出了基于数论选点的直接模态摄动法。首先利用数论选点法选取结构样本，然后采用直接模态摄动法计算样本结构相对于均值结构的摄动量，从而得到样本结构的模态，最后采用统计方法求得随机模态。对于较少随机变量确定的随机结构，基于数论选点的直接模态摄动法，其计算效率较传统的Monte Carlo模拟法效率要高，可以很快很准确地得到计算结果。