在6000年前美索不达米亚的尤尔地区，苏美尔文明盛极一时。苏美尔医学是我们所知的最古老的医学，其基础是占星术。因为苏美尔人相信，人从一生下来就得服从于星相昭示的命运，他们试图阐明星际运行和季节更替之间的关系，以及季节的转变和人类身体的失调有着怎样的关系。
　　考古学家在美索不达米亚发现了许多粘土碑，碑文是神职人员撰写的医学文章。他们认为血是生命机能的源泉，肝脏作为血液的汇集中心而成为生命的大本营。正是这个原因，古代英雄们在即将进行大事活动时，都要用动物的肝脏来占卜吉凶。这种概念更增强了这样一种说法：生命的延续依靠服用滋养品维持血液更新。
　　苏美尔文明在公元前2000年逐渐衰落，后被征服了美索不达米亚的亚述人和巴比伦人吸收过来，成为古代世界文明的中心。他们建立了以国王为中心的政治系统，国王宣称他是天神与黎民之间的代言人。在苏美尔时代就很重要的天文学家和占星学家，在此时变得尤为重要。因为发现神的旨意以便让国王执行是非常关键的。
　　很多其他的疾病被人们所知，如不同种类的发热、中风和瘟疫，一些粘土碑上还描述了眼、耳、皮肤和心脏的疾病，以及风湿病和大量的性病。牙痛被认为是由于一种虫子啃噬所致，直到18世纪之前，这种说法在欧洲都是很流行的定论。这些病魔由天上的主神释放出来，以惩罚一个人或一个国家犯下的罪恶。当这种情况出现时，巫医们立即介入，以发现导致这种状况的问题所在，并举行相应的驱魔和救赎仪式。
　　亚述和巴比伦的医学是宗教巫师的特权，他们向天神负责；而普通医生则是局外人，对他们做的手术的成功与否负责。汉谟拉比(前1948——前1950)是一位伟大的国王，他在历史上首次界定了职业的划分系统和犯罪的定义范围，现在法国的罗浮宫还收藏着铭记他的《法典》的石柱。关于医生因不能胜任或疏忽导致的不良后果，一些法令还制定了不同比例的罚金和惩罚措施。
　　例如，法典第215条规定：如果医生做一项较大的手术或治疗眼病时，他应能收到10枚银币。如果病人是一个自由人，他应付5枚银币，如果是个奴隶，他的主人应代他付2每银币。但如果病人因为手术死亡或失明，那么医生的双手就会被砍掉。
　　公元前2000年，伟大的汉谟拉比王统治时期，巫医是对神祗负责的，而普通医生则只对俗众和统治阶层服务。
　　尽管亚述和巴比伦的医生是在巫术的基础上建立了医学理论，但他们仍花费很大的精力观察自然，以不断提高医术水平。举例来说，对于眼部疾患，他们开出的处方是一杯啤酒和洋葱片，这确实很对，因为洋葱可以刺激眼泪生成，而眼泪中含有一种有机成分——同功酶。然后，医生会用橄榄油按摩眼部。但最后还要加上一种对付恶灵的仪式：用混合着青蛙胆汁和酸奶的汁液涂敷在眼上。医生们会开出多种多样的药方来治疗各种疾病，其中有：水果、花、叶子、根茎和诸如橄榄、月桂、水仙、水莲、桃金娘等植物的外皮；还有驯养和野生动物的各种脏器，一些矿物质，如铜、铁、铝。另外，一些动物的排泄物也大有用处，这在原始人类中应用得很普遍，可能用来驱魔，使病人摆脱病痛，即使是在200年前的欧洲也是这样来做的。
　　亚述医生把药做成丸剂、粉剂和灌肠剂，甚至也有阴道栓剂和肛门栓剂。医生把装有药物、绷带和医疗工具的箱子带在身边，如果有了新的发明，经过讨论商议，就会把它记录在粘土碑上。
　　粘土碑上记录的症状很引人关注。一个典型的例子就是关于肺结核的：“病人多咳，痰中带血，呼吸听起来像笛鸣，皮肤湿冷，但脚是热的，多汗，心跳剧烈……”
　　巴比伦的许多挖凿遗址再现了巨大的石板排水沟，这可能是排污系统的一部分，这些遗址以及早期的地中海文明遗址都发现过石块搭制的厕所。这些原始的设施显示社会文明对健康负责的逐步发展的认识状况。