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根据GenBank中登录Tilletia属的20个种的核糖体转录间隔区(ITS)序列差异设计1对引物T1／T2，可以特异地从T.indica和T.wallceri菌株中扩增到一条450bp左右的条带，而从其他供试菌株中不能扩增出条带，表明该对引物可以将这二个种与Tilletia其他种区分开。进一步根据T．indica和T．walked的线粒体DNA序列的差异设计一对引物M1／M2，只能特异地从T．indica DNA中扩增到一条250bp左右的条带，表明该对引物可以将T．indica与T．walked区分