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胎儿拷贝数变异(CNV)是指长度>1 kb的DNA片段的拷贝数增加或者减少，也包括亚显微水平的染色体片段缺失和重复。CNV所导致的胎儿疾病，被统称为微缺失/微重复综合征(MMS)。通过染色体微阵列分析(CMA)或者CNV测序等技术，可以准确、快速检测出CNV、染色体数目异常，以及嵌合比例≥30%嵌合体，可使MMS检出率相较于染色体核型分析提高1.0%～1.7%。由于在胎儿期多数疾病尚无明显和特征性的影像学异常表现，对胎儿致病性CNV(pCNV)进行判断及其遗传咨询，成为目前产前诊断领域的难点。对于胎儿pCNV判断原则包括：①不能仅凭借CNV片段长度判断pCNV，还需要结合其所处位置、所包含基因突变数量、所包含基因是否具有剂量效应进行评估，一般应进一步检测亲代染色体核型、亲代CNV和结合亲代临床表型等综合评估；②片段长度<1 Mb且亲代中携带相同CNV的胎儿CNV致病作用有限，而对于≥1 Mb的新发突变CNV，则意味着其致病风险更高；③同等大小CNV比较时，缺失型CNV的临床影响比重复型更大。可借助ClinGen网站CNV评分系统，快速判断胎儿pCNV，若CNV评分≥0.99，则判定为pCNV；评分为0.9～0.98，则为疑似pCNV(LpCNV)；评分为-0.89～0.89，则为临床意义未明(VUS) CNV；评分为-0.98～-0.9，则为疑似良性(LB) CNV；评分≤-0.99，则为良性CNV。正常人群中广泛存在着良性CNV，部分pCNV的临床表现可能并不严重，仅当确诊胎儿具有可导致死亡或严重出生缺陷的pCNV时，临床应建议孕妇及时终止妊娠，防止重大出生缺陷患儿出生。