目的对霍乱弧菌O1血清群产毒株基因组中重复基因数量分布、多样性及两种生物型中重复基因的差异进行分析。方法选择300株引起第6次和第7次大流行的O1群古典型和埃尔托型生物型菌株,使用BLAST和MCL等软件分析重复基因数量分布及两种生物型差异的重复基因;使用序列两两平均距离作为多样性的度量方法分析重复基因的遗传多样性以及在两种生物型之间存在遗传多样性差异的重复基因。结果每株菌平均包含242.63个同源基因簇,其中每株埃尔托型和古典型菌株分别平均包含244.85和209.74个。筛选到13个在埃尔托生物型与古典生物型之间拷贝数存在显著差异同源基因簇,功能主要包括阴离子、氨基酸等物质的转运、定位、跨膜转运等。对存在重复基因的同源基因簇的遗传多样性分析,发现在两种生物型之间多样性存在差异的同源基因簇50个,这些基因簇的功能主要包括阴离子、氨基酸、有机底物等转运、定植、底物特异的跨膜转运活性等。结论霍乱弧菌重复基因的进化有一定的功能倾向性,其特征解析对于理解其基因组适应性进化、菌株多样性及两种生物型基因组差异进化提供了新依据。