抽水蓄能电站上下水库面积小，相对于常规水电站而言，对野生动植物及自然生态环境的不利影响要小，但影响总是存在的，日本采取种种措施尽可能减少对野生动植物的影响，维持自然生态平衡。针对稀有猛禽类，如角鹰，在重要时期内，不大幅度改变角鹰的行为;对施工器材等，考虑低照度、低色彩等视觉措施;保持筑巢地附近宁静等。针对珍稀植物，如金松，在施工期中，将约2800棵金松临时移植弃土场周围，施工完成后，将它们最终移植水库周围修整好的土地上。对樱树，下水库内较低高程的樱树受蓄水影响，移栽到下水库较高高程处进行群落再生;考虑遗传的多样性，群落再生使用由种子及插技育成的苗木和由下水库内的群落采集的部分自然生长的树木进行;残留在下水库内的樱树，蓄水后也可能生长，故保持其原有的天然状态。绿化方法，以往一般在开挖、填筑的坡面上，广泛应用早期发芽的外来品种;但本工程从保护地域特有的遗传特性出发，大部分景观绿化使用了现场周围的天然生长的植物。