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根据GenBank报道的双子叶植物线粒体atp6和atp9基因编码区保守序列设计简并引物，通过PCR技术从苎麻细胞质雄性不育系、保持系和恢复系(简称"三系")mtDNA中扩增目的基因片段，发现所得序列开放阅读框虽不完整，但与GenBank报道的其他植物线粒体atp6和atp9基因同源性分别高于94％和85％。采用DNA Walking步移法分别从3′端和5′端扩增两个基因片段的未知侧翼序列，分离出完整的苎麻线粒体atp6、atp9基因，包含了完整的开放阅读框。其中"三系"的atp6基因在mtDNA水平、转录和翻译调控水平、蛋白质水平上均无差异。不育系a猡基因在编码区3 ′端与保持系和恢复系相比存在若干个碱基的差异和缺失；RT-PCR分析还表明，不育系atp9基因在现蕾期和盛花期的表达量很高。推测不育系atp9基因的结构变异和/或异常表达与苎麻CMS的关系密切。