【摘 要】
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目的：建立短肠综合征的大鼠模型,运用454测序和多变量统计方法解析短肠实验大鼠的肠道菌群结构特征,鉴定出微生态调节剂对短肠相关的特定细菌类群.方法：将雄性SD大鼠(体重为220-250g)随机分为6组:假手术组(Sham组)、短肠组(SBS组)、添加益生菌(双歧杆菌)短肠组(SBS-PRO组)、添加益生元(低聚果糖)短肠组(SBS-PRE组)、添加合生元(双歧杆菌+低聚果糖)短肠组(SBS-SYN
【机 构】
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上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 上海交通大学生命科学院微生物分子生态学与生态基因组学实验室
【出 处】
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中华医学会第十八次全国儿科学术会议
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目的：建立短肠综合征的大鼠模型,运用454测序和多变量统计方法解析短肠实验大鼠的肠道菌群结构特征,鉴定出微生态调节剂对短肠相关的特定细菌类群.方法：将雄性SD大鼠(体重为220-250g)随机分为6组:假手术组(Sham组)、短肠组(SBS组)、添加益生菌(双歧杆菌)短肠组(SBS-PRO组)、添加益生元(低聚果糖)短肠组(SBS-PRE组)、添加合生元(双歧杆菌+低聚果糖)短肠组(SBS-SYN组)、正常无手术组(Normal组).术后第15天取结肠内容物,RT-PCR检测肠道乳酸杆菌和双歧杆菌属的含量,采用bar-coded 454测序的方法分析16S rRNA基因,多变量统计方法解析短肠实验大鼠的肠道菌群结构特征,用偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)鉴定出微生态调节剂对短肠相关的特定细菌类群.结果：RT-PCR显示大鼠肠道乳酸杆菌和双歧杆菌含量在SBS-PRE组和SBS-SYN组与SBS组相比均有明显上升趋势,SBS-PRO组与SBS组相比有上升趋势,但无统计学差异.对6组实验大鼠的粪便样本进行了16S rRNA基因的V3区bar-coded 454测序,共分析了54个可用的样本,总共获得135360条符合要求的高质量序列,包括24206条unique序列.用DOTUR划分OTU,在98％水平上得到3354个OUT.PCA和PLS-DA分析结果均显示各组大鼠的肠道菌群有分开的趋势;用PLS-DA鉴定出25个OTUs关键的细菌类群,比较特别的细菌Desulfovibrionaceae和Clostridial ⅣV,其丰度变化与模型动物相关.PLS-DA发现Lactobacillus属和Bifidobacteriaceae属在PRE组与SBS组相比有明显上升,而PRO组和SYN组与SBS组相比无上述现象,进一步对两个益生菌Lactobacillus和Bifidobacterium在PRO组、PRE组和SYN组与SBS组中的丰度进行了比较(Mann-whiteny非参数检验),发现Bifidobacterium和Lactobacillus在PRE组与SBS组、SYN与SBS组间的差异显著(P＜0.05),而在PRO组与SBS组间的差异无统计学意义.结论：RT-PCR显示益生元和合生元能提高短鼠肠道乳酸杆菌和双歧杆菌含量,益生菌能有上升趋势,但无统计学差异.454测序揭示手术应激对宿主肠道菌群在结构上存在着显著的差异;益生菌、益生元和合生元的补充均使短肠大鼠肠道菌群结构发生变化;益生元使短肠大鼠肠道菌群中Lactobacillus属和Bifidobacteriaceae属明显上升,而益生菌无明显变化;鉴定出比较特别的细菌Desulfovibrionaceae和Clostridial Ⅳ,其丰度变化与模型动物相关.
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