【摘 要】
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目的 应用全基因组外显子芯片数据确定并优化外周血白细胞中内参基因的引物设计。方法 从公共芯片数据库中下载两个独立实验的全外显子芯片数据,运用生物信息学技术分析文献中报导的32个内参基因覆盖在每个外显子上的探针数据,通过归一化所有样本,可视化每个基因的表达数据,寻找最佳的内参基因,并根据每个基因探针信号的离散程度,结合芯片探针的位置,将引物的位置精确到10bp以内。结果 通过R语言分析包aroma-
【机 构】
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上海交通大学医学遗传研究所,上海市儿童医院 上海 200040
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目的 应用全基因组外显子芯片数据确定并优化外周血白细胞中内参基因的引物设计。方法 从公共芯片数据库中下载两个独立实验的全外显子芯片数据,运用生物信息学技术分析文献中报导的32个内参基因覆盖在每个外显子上的探针数据,通过归一化所有样本,可视化每个基因的表达数据,寻找最佳的内参基因,并根据每个基因探针信号的离散程度,结合芯片探针的位置,将引物的位置精确到10bp以内。结果 通过R语言分析包aroma-affymetrix及Genomegraphs,将32个基因的表达数据可视化,得到ACTB,ABL两个最佳的内参基因,而ACTB的引物分别设计在第2及第3外显子为最佳,ABL的引物设计在第1及第2外显子为最佳。结论 本方法利用全基因组外显子芯片高密度的特性,成功寻找到外周血白细胞中表达的最佳内参基因,并确定了该基因的引物最佳设计位置,为以后进行外周血中基因表达的定量测定提供了参考。
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