【摘 要】
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本试验为了探究乳酸乳球菌的遗传多样性和菌株间的亲缘关系,对来自中国六个省九个地区的自然发酵乳中的197株乳酸乳球菌进行多位点序列分型研究.研究中选取dnaA,pyrG,rpoB,groEL,recA,clpX,carB,murC,pepN,pepX,murE和pheS 12个持家基因作为MLST的靶基因,通过双向测序技术获得持家因的序列,将其拼接、核对后利用BioNumerics v6.0软件输出
【机 构】
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内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,呼和浩特市,010018
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本试验为了探究乳酸乳球菌的遗传多样性和菌株间的亲缘关系,对来自中国六个省九个地区的自然发酵乳中的197株乳酸乳球菌进行多位点序列分型研究.研究中选取dnaA,pyrG,rpoB,groEL,recA,clpX,carB,murC,pepN,pepX,murE和pheS 12个持家基因作为MLST的靶基因,通过双向测序技术获得持家因的序列,将其拼接、核对后利用BioNumerics v6.0软件输出等位基因图谱,构建序列型(STs),进而对204株乳酸乳球菌进行分型,来推测菌株间的遗传进化关系.结果表明：12个持家基因的等位基因值的数量在6 (dnaA)-8 (murC)之间,持家基因的GC含量范围在33.62％ (clpX)-41.95％ (recA)之间,核酸多样性π值0.00362 (murE)-0.08439 (carB),dN/ds均显著小于1,说明12个持家基因受纯化选择.12个等位基因联合分析,最终确定了72个STs.乳酸乳球菌的LIAN连锁分析得IAS =0.3038,存在克隆结构.同时Split Tree图谱显示了等位基因的重组分析结果,dnaA,pyrG,rpoB,groEL,recA,clpX,carB,murC,pepN,pepX,murE和pheS存在网状结构,表明进化过程中存在种内重组现象.说明在乳酸乳球菌进化过程中重组起到了作用.经过最小生成树对197株乳酸乳球菌的72个STs分析后,共分成14个克隆复合体和23个独特型.利用UPGMA法构建系统发育树,依据1 2个基因串联序列进行的系统发育分析,表明乳酸乳球菌菌株进化和地理位置有关.总之,我们的研究为未来研究乳酸乳球菌结构和基因进化提供了有用的信息,并将为乳酸菌发酵剂的筛选奠定基础.
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