【摘 要】
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目的:建立基于Ion Torrent高通量测序平台的线粒体基因组筛查技术,并评价其在线粒体疾病诊断中的应用.方法:选取2例线粒体基因组序列已知的样本用于方法的建立.19例临床拟诊为线粒体病且伴有不同程度呼吸链酶活性缺陷的样本用于方法的应用性评价.首先应用长片段PCR特异性扩增线粒体基因组片段,经内切酶消化、琼脂糖凝胶电泳回收300bp左右的片段制备测序文库.再经由Ion OneTouchTM系统进
【机 构】
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首都儿科研究所医学遗传研究室 100020 北京市通州区妇幼保健院儿科 101100
【出 处】
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全国遗传性疾病诊断与优生咨询研讨会
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目的:建立基于Ion Torrent高通量测序平台的线粒体基因组筛查技术,并评价其在线粒体疾病诊断中的应用.方法:选取2例线粒体基因组序列已知的样本用于方法的建立.19例临床拟诊为线粒体病且伴有不同程度呼吸链酶活性缺陷的样本用于方法的应用性评价.首先应用长片段PCR特异性扩增线粒体基因组片段,经内切酶消化、琼脂糖凝胶电泳回收300bp左右的片段制备测序文库.再经由Ion OneTouchTM系统进一步富集目标区域,点样于314芯片和316芯片.最后应用Ion Torrent PGM测序仪进行检测.所得数据采用Torrent Suite v3.6.2软件包进行分析处理.所有变异位点经Sanger测序验证后,通过与线粒体基因组专业数据库比对初步明确其性质.结果:2例序列已知的样本经Ion Torrent PGM测序共获得数据量58.43Mbp,其中~95%的数据定位于目标区域.所有测序结果与前期结果一致.19例拟诊病例数据输出总量为820Mbp,~99%的数据定位于目标区域.Ion Torrent PGM共检测到210个变异位点,其中5个位点(A5514G、T12811C、T14502C、A15924G和G15927A)已报道与线粒体病相关.通过文献检索结合患儿的临床表现,T14502C和G15927A可能与本研究中患儿的线粒体疾病相关.结论:基于Ion Torrent的高通量测序技术适于进行线粒体基因组突变分析,满足个体化诊疗的需求.
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