分选酶几乎存在在所有的革兰氏阳性菌中，使其成为极具吸引力的药物治疗靶点。[14]随着对SrtA三维结构及其活性位点的逐渐明确，目前研究主要集中在分选酶抑制动力学特性上，并筛选相应的抑制剂作为抗菌药物的基础。很多方法已经被用来寻找分选酶抑制剂，其中包括筛选自然产物，搜索小型化合物库以及通过合成合理设计的类肽物和小分子抑制剂等。近年来分选酶抑制剂的筛选研究进展缓慢，特别是抑制剂与分选酶的相互作用机制尚不明确。首先是由于分选酶作为新的抗感染靶点的重要性刚刚被认识；更重要的是分选酶抑制剂的筛选方法尚不完善，不利于抑制剂的高通量筛选和分选酶性质的深入研究。因此在本文中，通过分子动力学模拟的方法研究了SrtA与四种阿普托名衍生物抑制剂相互作用，采用分子对接方法将四种抑制剂对接到金黄色葡萄球菌分选酶SrtA的活性结合位点中，然后在常规分子动力学优化的稳定构型基础上，对其构象进行了分析。并采用MM-PBSA方法，进行了结合自由能分解及总的结合自由能的计算。结果表明：复合物SrtA-IAP体系中结合自由能值明显高于其他抑制剂，这主要是由于抑制剂分子结构不同引起的，该计算结果变化趋势与实验结果完全一致。根据能量分解计算，在复合物SrtA-IAP体系中，抑制剂N-1上的甲基及C-9位置上的羟基对稳定配体与蛋白间结合起到了主要作用。初步确定了SrtA的活性结合位点，以及抑制剂的药效团，为今后以SrtA为靶标的抗菌药物的研发奠定理论基础。