国家高新区管理体制是在充分吸收国外先进高新区建设和发展经验的基础上,以新公共管理理论为理论基石,通过大学和科研机构、企业、政府三方面的有机结合,有组织、有计划地建立并得到长足的发展。我国国家高新区大多采取政府派出机构的管理体制,取得了优异的成绩,在管理体制方面也做出了不断的创新。但是,在高新区快速发展的过程中,高新区存在管理体制的不明确、职能定位的不完善、相关法规制度的不健全等制约高新区进一步发展的因素,如何做好高新区管理体制的创新成为新时期知识经济形势下的一项重要任务。知识经济时代,经济社会发展日新月异,全球经济一体化进程加快。我国加入WTO后,国家经济更加紧密地融入了全球经济体系,我国社会主义市场经济也成为国际市场的一个重要组成部分。知识经济越来越被社会接受,知识管理普遍成为各国政府和企业管理体制改革和创新的新基点。基于以上,本文以“新公共管理理论”和“知识管理理论”为理论基础,借鉴国外高新区建设和发展的先进经验,充分分析国内高新区的实际状况,结合时代特征,指出高新区管理体制创新,应当以知识经济为经济基础,以新的理论为指导,在多方面进行改革和创新。最后,对我国高新区体制创新的机遇和挑战及其发展趋势作了简单的分析。