新古尼基氏霉Keithomyces neogunnii隶属于子囊菌门Ascomycota、粪壳菌纲Sordariomycetes、肉座菌目Hypocreales、麦角菌科Clavicipitaceae、基氏霉属Keithomyces。该物种是国内广泛分布的药用真菌,在过去三十多年,一直被误认为是古尼虫草Cordyceps gunnii。因其具有镇痛、调节机体免疫力、抗癌、增强记忆、预防和治疗高脂血症、抗心律失常、抗衰老、镇静、祛痰平喘等药用功效而广受关注。物种遗传多样性与遗传分化是种质资源可持续利用的基础,然而目前目前缺乏对新古尼基氏霉群体遗传多样性与遗传分化规律的全面认识。本研究试图从线粒体基因组水平,初步探讨新古尼基氏霉的群体遗传变异式样,以期为新古尼基氏霉资源的可持续利用提供理论依据。同时对新古尼基氏霉、江西基氏霉K.jiangxiensis和中华基氏霉K.sinensis三个物种线粒体基因组进行比较,尝试从线粒体基因组角度为物种分类提供进一步支持。获得主要结论如下:（1）以贵州余庆、黄平、镇远、施秉、岑巩、湖南新化和江西上高7个群体58个新古尼基氏霉菌株为研究对象,利用线粒体13个蛋白编码基因串联序列（atp6、atp8、atp9、cob、cox1、cox2、cox3、nad1、nad3、nad4、nad4L、nad5、nad6）初步探讨新古尼基氏霉群体遗传多样性与分化。结果发现:58个菌株中共检测出26个单倍型,总群体表现出丰富的遗传多样性（Hd=0.938,π=0.00662）;群体间基因交流少,遗传分化明显(Fst＞0.25),其中江西上高与贵州施秉群体间的遗传分化系数高达0.94792;AMOVA分析显示,59.57%遗传变异来自群体内部,40.43%遗传变异来自群体间;Mantel test检验表明,群体间遗传距离与地理距离呈显著的正相关（R=0.7393,P=0.0016）;系统发育与单倍型Network分析发现,新古尼基氏霉形成两个明显的分支且具有一定的地理遗传结构,中性检验推测群体可能经历瓶颈效应。（2）新古尼基氏霉、江西基氏霉和中华基氏霉的线粒体基因组均呈典型的闭合环状双链DNA,大小分别是54,093 bp、33,415 bp和32,224 bp,均含有14个PCGs、1个rps3基因、2个核糖体RNA基因（rnl和rns）和25个t RNA基因,大小差异主要源于内含子和ORF的数量。物种间基因排列相对位置高度保守,14个PCGs中nad1遗传距离最大,atp8最小。系统发育分析显示三个物种处于肉座菌目麦角菌科,江西基氏霉与中华基氏霉的亲缘关系更近。综上所述,新古尼基氏霉具有丰富的的遗传多样性,遗传分化明显,7个群体的新古尼基氏霉分化为两个明显的分支且与地理距离具有显著相关性,遗传变异主要来源于群体内,该结果可为今后新古尼基氏霉资源可持续利用提供基础的数据支持。三个物种线粒体基因组均为典型环状双链结构,均含14个核心编码蛋白基因、25个t RNA、2个r RNA,基因排列高度一致,基因组大小差异主要源于内含子和开放阅读框数量。系统发育显示,江西基氏霉与中华基氏霉亲缘关系更近。