棉花是我国重要的经济作物之一，对保障我国经济发展和满足人民的生活需求具有不可替代的作用。棉种检测技术的不断发展是为了能够更加准确和高效地服务于实践，同时有助于种子管理部门对市场的监管，从技术上有效保障棉农与育种家的合法权益。近年来，常规的种子真实性和纯度检测技术已不能完全满足检测与监管的需要，而SSR分子标记技术能够从分子水平对种子样品进行检测，提高了鉴定的可信度与时效性，成为了农作物种子鉴定技术研究的热点。本文阐述了SSR分子标记技术在棉种真实性和纯度鉴定上开展了一系列应用研究，主要内容如下：1）以具有代表性的棉花品种为材料，经过初筛和复筛两个阶段及综合分析评价，确定了由52对引物组成棉花SSR分子鉴定核心引物。这52对引物在96份复筛材料上得到3~18种多态性基因型，共计299种，平均5.75种；其引物的位点多态性信息量（PIC）从0.22到0.88，平均为0.61，表明了这套核心引物有较高的品种鉴别能力；并且着重选择了与表型更为相关的EST-SSR标记，共30对，占57.7%，其他为Genomic-SSR标记。2）采用52对核心引物对7个棉花常规种（标准品种）进行了SSR分析。结果显示：每个品种的24个受检单粒棉种中，杂株数最多为9个，最少1个，平均为3.9个，并且所有杂株样品基因型相对于主要基因型差异位点数均大于或等于3个；这7份常规种中DNA位点纯合率最高为100%，最低92.3%，平均为97.0%。研究表明，品种纯度与DNA位点纯合率呈高度正相关，通过SSR标记进行分子检测能够准确区分因遗传因素与生产加工对品种纯度造成的影响。3）利用52对核心引物对5份杂交种（标准品种）进行了一致性分析，共得到14种异型带的类型，其中以异型带和主要基因型存在公共带的情况所占比例最大，其他异型带出现的比例较小。鄂杂棉10号、苏杂3号、湘杂棉10号、中棉所63和中棉所70在52个位点的平均一致性比例分别为0.99、0.94、0.95、0.96和0.96。相较与其他4个品种，仅在苏杂3号所检测的52个位点中出现了9个位点一致性比例低于0.85的情况，相对较差。4）以标准品种为对照，利用SSR标记对6份常规种商品种子和4份杂交种商品种子进行了室内真实性分子鉴定与田间种植鉴定。结果表明，6份常规种中只有“中棉所49”在DNA指纹和田间性状与标准品种具有高度一致性，其他5份常规种中，2份是以另一品种冒充本品种子，3份是在少量本品种子中混杂了大量杂种子。受检的4份杂交种商品种子在DNA指纹或田间性状上与标准品种均存在显著差别，其中，2份是在少量本品种子中混杂了大量杂种子，2份是以另一品种为主并混杂了其他杂种子。5）用SSR分子标记对种子公司委托检测的某苏杂品种和某湘杂品种共计20个批次的样品进行了纯度检测，其中包括两个化学去雄样品。分别从26对候选核心引物中筛选出5对双亲互补型引物进行纯度检测。纯度检测结果表明，受检的某苏杂和某湘杂品种各批次样品中纯度最高的分别为76.1%和78.8%，平均纯度分别为48.7%和51.2%；其中，杂株类型以母本自交株为主，并且亲本的纯合度在不同程度上影响杂交一代的基因型表现。