改革开放三十年来，随着我国渔业经济快速发展，我国海洋渔业资源持续衰退。目前我国海洋捕捞业当前正面临着环境资源危机、社会经济危机和治理危机。虽然我国曾采取了捕捞许可制度，严格控制渔船数量和渔船马力增加的“双控”措施等一系列管理措施，但收效甚微。由于渔业法规本身存在的缺陷，再加上执行方面的差距，导致非法捕捞和违规作业屡禁不止。鉴于此，我国2000年修订的《渔业法》在第22条中明确规定，“国家根据捕捞量低于渔业资源增长量的原则，确定渔业资源的总可捕量，实行捕捞限额制度”。我国长期以来一直依赖技术性措施和投入控制制度，因而缺乏对产出控制措施的认识和实践经验，导致捕捞限额制度迟迟得不到落实。捕捞限额制度本质上属于渔业配额管理的范围，自二十世纪七十年代以来，世界上一些主要渔业发达国家在其渔业管理中逐渐采用以产出控制为主的配额管理制度并取得好的效果，实践证明该制度确实能有效防止捕捞努力量的过度增长，保护渔业资源。许多经济学家将其认为是最有效的一种渔业管理制度。本文运用比较研究法、历史研究法、系统分析法通过制度经济学、渔业资源经济学、管理学等有关理论知识，系统梳理不同渔业管理方法的演变逻辑和绩效，在此基础上比较分析渔业配额制度在各国的具体应用情况和演进方向，结合我国实际情况设计基于配额管理的海洋渔业管理制度框架。研究的具体内容如下：首先在对渔业管理概念界定的基础上，将渔业管理的发展阶段划分为渔业前管理阶段、渔业管理萌芽阶段、直接干涉管理阶段和现代渔业管理阶段四个阶段，认为渔业管理的演变逻辑经历了“自由准入”到“命令与控制”再到“激励相容”，在此基础上梳理当前存在的主要渔业管理方法，并对三种典型渔业管理方法禁渔制度、渔具渔法管理制度和总可捕量制度进行经济效果比较分析。从配额管理制度的目标入手，分析“奥林匹克自由捕捞式”、社区发展配额制度、个别配额制度和个别可转让配额四种配额管理制度存在的优缺点，并着重分析配额管理制度实施的几个重要环节：资源的评估、渔业总可捕量确定、捕捞配额分配、捕捞配额的监管。其次从比较研究的视角系统考察了配额管理渔业特别是冰岛渔业在前配额管理时期的管理框架及生物、经济和社会特征、转向配额管理的基本动因和转轨过程、配额管理的实施过程和绩效，以及所面临的问题和采取的对策。最后结合对国外配额制度实践和我国捕捞业发展的现状分析的基础上，借鉴中国农村土地制度改革经验，认为采用“优势互补”的方法建构出一种混合管理体制不仅可能，也是可行的，建议我国捕捞限额管理宜采用“渔村配额、休闲渔业配额和商业捕捞配额”三位一体的模式，即：首先国家根据确定的总可捕量将其分解成三大海区可捕量，由各个海区根据当地渔业的历史和现实，在广泛讨论和协商的基础上，通过行政方式划分成个别市县配额和商业捕捞配额。在此基础上，有条件的市县还可以将其配额进一步划分为总渔村可捕量和总休闲渔业可捕量，对于总渔村可捕量还可以采取行政的方式将其划分成个别渔村配额，下达给各个渔村。同时对于总休闲渔业可捕量和总商业可捕量，则可以采用拍卖方式决定其归属，分别形成个别休闲渔业公司配额和个别商业可转让配额。在未来捕捞配额制度实施前还需要最大努力做好海洋渔业资源调查、渔业统计、渔业监督监测以及转产转业等各个方面的准备工作，真正实现我国渔业管理以“投入控制”为主过渡到“投入控制”与“产出控制”的转变。