多年来，科研事业单位存在的科技体系结构不合理、R&D资源配置效率低下、资源利用效率低下等弊端，在很大程度上阻碍了科研事业发展的进程。因此科技体制改革的深化势在必行。本文通过对“技术开发型科研院所建立新型运行机制的方法研究”，以定量分析与定性分析相结合，理论分析与实证研究相结合，探讨并建立了适合于技术开发型科研院所特点的较为科学有效的管理运行模式，主要包括以下内容：　　首先，从创新理论出发，分析了创新的收益率、外部性和溢出效应。通过产权，解决技术创新溢出效应的外部性问题，将外部性内部化，提供创新激励。基于企业边界理论，构建了研发活动的边界模型，导出科研院所在企业机制下运行会使效益最大化的结果。从现代企业管理理论的角度阐述了产权与控制权之间的关系。提出赋予科研院所经营者与技术骨干股权的必要性。　　其次，以应用研究型的科研院所为研究对象，分析了科研院所建立现代企业制度的必要性；在分析国内外科研机构的组织机构设置现状的基础上，构建了由科研院所转制为科技型企业比较理想的基本组织机构框架；分析了这一类科技型企业的基本功能特征，提出了如何实现科研事业单位向科技型现代企业转制的方法和措施，以及建立现代企业制度的基本步骤。　　第三，提出了科技成果研发基地的总体构想，同时提出了我国建立科技成果研发基地的任务、条件及标准，探讨了建立科技成果研发基地应坚持的原则；构建了科技型企业科研开发管理体系的总体功能框架，同时对科研开发管理体系进行分项功能研究；提出了质检监督职能转换的解决方案；探讨了科研院所转制后，挂靠在科研院所中的国家质检中心的改革措施，明确了转制后国家质检中心工作原则。　　第四，探讨了科技型现代企业实行期权计划方案的作用及意义，提出了实行期权计划方案的一般原则，设计出几种期权计划方案，同时分析了在这类科技型企业中实行期权计划方案应注意的问题；论证了这类科技型企业内部员工持股制度的可行性，提出了实行员工持股计划的原则，进行员工持股计划方案的设计，并分析了实行员工持股计划方案应注意的问题。　　第五，论述了由科研院所转制为科技型企业后建立绩效评价的作用及建立绩效评价指标体系的原则，综述了这类科技型企业绩效评价的方法；提出了在企业统计数据充足和不充足两种条件下所采用的评价方法，给出了相应的操作程序，同时建立了评价指标体系和评价指标数学模型。还以中国建筑科学研究院为例，以本文研究的绩效评价方法为基础，选择绩效评价方法，在以确定当量的前提下计算并确立各评价指标的值、标准值及其权重，计算出其综合绩效值。同时，对最终评价标准的确定做了说明。　　通过本论文的研究，不仅丰富了科技体制改革的理论，也为科研院所建立现代企业制度提供了一种有效的参考模型。因此，本研究具有重要的理论意义和实践意义。