本研究测定了我国饲养的8个黄牛品种50个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列，分析结果表明： 我国饲养的黄牛D-loop全序列长度为910bp、911bp和912bp，检测到59个多态位点，占分析位点总数的6.48％，其中单一多态位点9个，简约信息位点50个；核苷酸位点突变类型有五种，即转换、颠换、插入／缺失及转换与颠换共存。确定了23种单倍型，其中单倍型H4为中国黄牛的主体单倍型，各单倍型在品种间和品种内的分布和频率均不平衡，所测定的8个黄牛品种单倍型多样度范围从0.500～0.9444，各单倍型间的平均遗传距离为0.018(0.000～0.051)，说明我国黄牛D-loop单倍型类型丰富。黄牛品种间双参数距离范围较大(0.000～0.048)。群体核苷酸不配对分布曲线是一条不规则的多峰波浪型曲线，所有序列经Tajima’s D中性检验结果均不显著(p＞0.10)，表明中国黄牛在过去没有出现群体扩张。黄牛不同地方品种之间存在一定程度的基因交流，品种之间出现了显著的遗传分化。 采用黄牛mtDNA D-环全序列单倍型，以及GenBank中相关序列，通过Paup4.0和Mega2.1软件构建黄牛D-环全序列的NJ树和MP树，不同系统发育树的拓扑结构相似，并进行拓扑结构检验，差异不显著(P＞0.05)，表明构建的系统发育树准确。D-环的MP树和NJ树上，明显分成欧洲普通牛型和印度瘤牛型2个分枝，表明中国黄牛起源上含有欧洲普通牛和印度瘤牛的血统，但受普通牛的影响更大一些；对中国黄牛是否含有斑腾牛的血统有待进一步证实。