“三农”问题一直以来受到国家的高度重视,我国经济发展离不开农业的支持。本文借鉴与吸收了前人对信贷资金配置效率的研究理论,在此基础上构建了衡量我国农业信贷资金的配置效率的实证模型,并利用我国31省市1983年-2012年的面板数据,研究表明:我国农业信贷资金配置效率偏低,且信贷资金的配置效率存在空间相关性;并分析影响我国农业信贷资金配置效率的因素,主要包括城乡二元结构、地方政府影响和银行信贷规模。地方政府在农业信贷资金配置效率方面起到抑制作用。一方面因为政府对市场的过分干预,破坏了市场机制,导致农业信贷资金的流失,另一方面政府的财政支出具有“挤出效应”,城乡二元经济结构也抑制了我国农业信贷资金的配置效率,从整体上看我国信贷资金的配置具有效率,但是以牺牲农村地区信贷资金配置效率为代价。银行信贷规模的扩大会提高我国农业信贷资金的配置效率,在缺乏资金支持的农村地区,根据边际效应理论,起始的信贷资金投入会极大提高资金的效率。在此基础上本文给出了提高我国农业信贷资金配置效率政策建议。