针对三疣梭子蟹养殖业中存在的病害严重、良种匮乏等问题，本论文首先通过遗传多样性分析，确立鸭绿江口、莱州湾、海州湾、舟山4个群体为育种基础群体；然后评估了重要经济性状遗传力，计算了不同群体间杂交优势，研究了个体识别标记，建立了三疣梭子蟹家系选育技术。主要研究结果总结如下：14个地理群体遗传多样性评估本文从肥满度及体色两方面研究了三疣梭子蟹4个地理群体（鸭绿江口、莱州湾、海州湾、舟山）遗传多样性。首先采用Le Cren相对状态指数，比较4个地理群体肥满度情况，发现鸭绿江口＞莱州湾＞海州湾＞舟山，鸭绿江口群体与舟山群体肥满度存在极显著差异（P<0.01），海州湾群体与鸭绿江口群体肥满度存在显著差异（P<0.05），舟山群体与鸭绿江口群体、莱州湾群体肥满度存在显著差异（P<0.05）；4个地理群体雄性个体肥满度均大于雌性个体，但差异不显著（P＞0.05）；3月中旬与10月中旬相比，三疣梭子蟹肥满度有下降趋势，但不存在显著性差异（P＞0.05）。通过对4个野生群体的三疣梭子蟹头胸甲颜色观察及大螯、头胸甲、游泳足3个部位斑点统计，采用单因子方差分析和判别分析法对其进行比较。结果表明：4个地理群体头胸甲颜色存在显著差异，斑点数量存在显著或极显著差异；对样本所属群体进行判别分析，4个群体雌蟹的综合判别率为53.3%，其中海州湾最高，为83.3%；莱州湾最低，为30.0%；说明依靠斑点和头胸甲颜色不能将群体精确区分开。并建立了4个群体各自的判别函数公式。通过对同样环境下养殖的4个群体子代进行单因素方差分析，发现子代间差异减少；而家系结果显示子代头胸甲颜色为超亲型，斑点为中间型。综合以上数据推测：三疣梭子蟹体色受环境和遗传共同作用，且环境因素为主导因素。2重要经济性状遗传参数评估本文应用数量遗传学原理和全同胞组内相关法估计了三疣梭子蟹80日龄和120日龄体重、全甲宽、甲宽、甲长及体高的遗传力。实验中的400只亲蟹来自人工养殖的选育群体。通过群体间杂交，构建了37个全同胞家系包括13个半同胞家系，分别测定了80日龄和120日龄时每个家系大约30个个体的体重、全甲宽、甲宽、甲长及体高。利用SPSS软件的一般线性模型(GL.M)过程，计算表型变量的方差组分，估计5个生长性状的遗传力。结果表明，三疣梭子蟹80日龄和120日龄5个生长性状的遗传力估计值分别在0.42-0.74和0.25-0.70之间。雌性遗传方差组分均显著大于雄性遗传方差组分，说明雌性遗传方差组分存在显著的母性效应。经过t检验，父系半同胞、母系半同胞方差组分估计的遗传力均未达到显著水平，全同胞方差组分估计的遗传力达到极显著水平。因此可以认为基于全同胞方差组分估计的遗传力是对三疣梭子蟹两个发育阶段狭义遗传力的无偏估计值，估计值分别为0.53-0.65和0.32-0.50。说明三疣梭子蟹体重、全甲宽、甲宽、甲长、体高等生长性状遗传力属于中高度遗传力，对其选择育种具有较大的潜力。开展了不同地理种群体内自繁和种群间杂交研究，获得了9个子一代群体，其中包括3个自繁群体和6个杂交群体，运用方差分析对9个子一代群体的5个主要生长性状（全甲宽、甲宽、甲长、体高、体重）进行了比较，发现5个生长性状在子一代群体间表现出显著差异或极显著差异，计算5个生长性状及存活率的杂种优势，发现6个杂交子一代群体表现出杂种优势（0.33%-46.12%），但不同杂交组合间和不同性状间的杂种优势存在差异，有的性状甚至表现出杂交劣势。获得的9个群体将成为进一步选育的基础群体，子一代的变异性增加为进一步选育奠定了基础。3家系选育技术建立及应用本文首先建立了以室内人工控制定向交尾、地下水节能越冬、生态苗种培育及围格标准化养殖为核心的三疣梭子蟹家系选育技术；然后对该技术选育结果进行评价，在10个F2代家系中发现f9、f10两家系的体重极显著大于其他8个家系（P<0.01），f9体重比f6大96.10%，比f7大76.87%；f10体重，比f6大72.77%，比f7大55.76%，表现出明显的生长、存活优势，为育种提供了良好的材料；利用该技术，构建父系半同胞家系，分析生长、头胸甲颜色及斑点遗传规律，结果发现F1代头胸甲颜色表现为超亲型，而斑点数量表现为中间型，幼体发育及生长存在显著母系效应，证实该技术选育方法是合理的：首先通过性状测试进行家系选择，再根据表型性状进行家系内个体选择。4个体识别标记研究本文采用注射可视嵌入性荧光、剪附肢两种手段对不同期别三疣梭子蟹进行标记，以研究标记的适用性及对个体生长的影响。对不同发育阶段三疣梭子蟹进行2个部位荧光注射，统计蜕壳后可识率。结果显示，II、III期幼蟹适合腹面区域注射，IV期以后适合游泳足基节和头胸甲背面的薄膜关节注射；标记后，经过2次蜕壳，识别率在80%以上，但3次蜕壳后，识别率较低；根据标记组、未标记组生长数据，通过单因素方差分析发现：标记对三疣梭子蟹个体生长无显著性影响。VII期以后的幼蟹，更适合剪附肢法，该法操作简单，识别率高，对个体生长、存活无显著性影响(P＞0.05)。因此本研究得出：将2种个体标记方法结合起来应用，更合理、更科学，为梭子蟹增殖放流、良种选育等研究提供有力的工具。5“黄选1号”新品种生长及育种性能分析本文以家系为单元，测量三疣梭子蟹“黄选1号”新品种80和100日龄甲宽、体高、体质量，运用“海水养殖甲壳类动物育种数据管理与分析系统V1.0”及SPSS13.0软件，对其生长性能比较、遗传力评估及育种值分析，探讨育种值选择在三疣梭子蟹遗传育种中的应用。结果显示：三疣梭子蟹“黄选1号”生长速度80、100日龄分别提高16.20%和19.35%，显示了较大的生长优势；采用REML法进行遗传力评估，发现三疣梭子蟹甲宽、体高、体质量80和100日龄遗传力分别为0.164、0.304、0.167和0.125、0.241、0.117，属于中低度遗传力，说明采用家系选择方法对三疣梭子蟹“黄选1号”继续遗传改良效果更佳；最后通过BLUP方法评估家系育种值（EBV），比较发现育种值选择效率比表型值选择效率提高11.1-19.38%。因此根据育种值进行三疣梭子蟹家系选择，在5%选择强度下利用表型值进行亲本选留，是目前比较理想的三疣梭子蟹选育模式。该结论为三疣梭子蟹的遗传改良提供理论依据。