水稻不仅是重要的粮食作物,也是植物研究的模式物种。目前已有粳稻日本晴(Oryza sativaL.ssp.japonica cv.Nipponbare)、籼稻9311(Oryza sativa L.ssp indica cv 9311)以及非洲稻(Oryza glaberrima)基因组序列发表,其中日本晴可以作为粳稻研究的参考基因组,而籼稻研究却没有高质量的参考基因组。利用珍汕 97(Zhenshan97,ZS97)和明恢 63(Minghui63,MH63)的 BAC(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库数据和物理图谱数据,运用对大片段克隆分别测序的策略,借助第三代测序平台PacBio RS Ⅱ分别对它们的所有Minimum Tiling Path(MTP)BAC克隆进行了测序,最后组装得到ZS97和MH63的基因组。为了高效、系统、方便的管理BAC文库、物理图谱、测序数据等,本研究建立了测序数据管理分析平台,并且在管理平台上对数据进行了处理,具体如下:1)开发了一个实验室信息管理系统(Laboratory Information Management System),所有的BAC文库数据和物理图谱数据都储存于后台MySQL数据库中。在此平台上,postHGAP是一个重要的功能工具,它用于对一个由HGAP组装产生的Unitig序列进行去载体、环化等处理,并将所得序列与BAC Id进行关联的工具。从ZS97的物理图谱中挑选了 4,714个BAC进行了测序,从MH63的物理图谱中挑选了 4,751个BAC进行了测序。利用平台上的postHGAP对经过HGAP组装之后的序列进行处理之后,分别得到4,571个和4,488个BAC的序列,平均长度分别为121 kb和151 kb。其中4,415个(ZS97)和4,320个(MH63)是完整的MTPBAC序列,分别占所挑BAC总数的94%和91%。2)对测序组装得到的ZS97和MH63全基因组的Gap大小和序列准确率进行了评估,ZS97的Gap总长约为36.6MB,MH63的Gap总长约为26.2MB。根据ZS97和MH63的BAC与BAC之间的重叠区域评估结果显示本研究的序列准确率达到了99.9%以上。3)基因组结构变异检测。检测出了 ZS97和MH63之间有131个Inversion,分别对应ZS97和MH63的总长度为1,960,828 bp,1,848,622 bp。ZS97和日本晴之间有357个Inversion区域,分别对应ZS97和日本晴的总长度为4,660,163 bp,3,217,139 bp。MH63和日本晴之间有402个Inversion区域,分别对应MH63和日本晴的总长度为 5,642,744bp,4,284,365 bp。检测出了 ZS97 和 MH63 中存在 5188 个 Translocation事件,对应的ZS97的总长度为8,943,636 bp,MH63总长度为8,942,631 bp。