随着科学技术的飞速发展,经济增长方式的不断变革,经济发展呈现出很强的区域化特征,而区域创新能力也成为了地区经济获取竞争优势的决定性因素和区域竞争参与者竞争能力的重要标志。重庆作为四大直辖市之一,2010年又被评选为中国5大核心城市之一,是名副其实的西部龙头城市,肩负着带领西部走创新发展道路的重任。鉴于科技投入与产出能力的强弱是影响区域创新能力提升的关键,而当前重庆区域创新体系发展过程中普遍存在创新科技资源投入不足、条块分割、重复投入、低效配置等现象,严重的阻碍了重庆区域创新体系的建设与发展。因此,有必要深入了解重庆区域创新体系的建设与发展现状,尤其是对区域创新体系内的创新科技资源的投入、统筹及优化配置,以及创新科技资源的配置、使用效率进行调查分析,并在此基础上根据重庆区域创新体系的特点和科技社会发展的需要,结合已有的实际经验和研究成果,通过相应的机制设计,激励区域内各主体要素加强合作,实现区域创新体系中科技资源的优化配置、合作共享,提高科技资源的利用效率。本文首先运用主成分分析法对中国科技发展战略研究小组指定的144个创新能力评价指标进行了分析,得出了本文所需要的九个主成分指标,分别为“研究与发展全时人员当量”、“政府科技投入”、“高新技术企业数”、“教育经费支出”、“大中型工业企业技术中心或研究所数量”等五个投入指标和“技术市场交易额”、“发明专利授权数”、“第三产业增加值”、“国内国际论文数”等四个输出指标;其次利用上步所得的投出与产出指标及数据,运用数据包络分析方法对重庆市区域创新体系的的创新效率进行了实证分析,分析结果如下:投入产出效率分析显示重庆市区域创新体系的相对效率评价值θ为0.87,小于1,说明重庆市区域创新体系非DEA有效。同时由于重庆市的θ值在四个θ中最小,说明相对于其他三个直辖市中,重庆市的区域创新效率最低;规模效率分析的结果显示重庆市区域创新体系尚处在规模效益递增阶段,具有很大的发展潜力;差量分析结果指明了导致重庆区域创新效率低下的原因以及提高效率所需改进的方面与幅度。第三,针对差量分析所给出的改进方向,探索可实施政策。结合以往研究成果,量化政策指标,重点研究了基于供应链的政府R&D补贴策略。最后,结合差量分析及量化分析的结论,为政府的政策调控给出了具有理论支撑的合理化建议。