随着国家知识产权战略实施的推进和知识产权制度的不断完善,高新技术企业知识产权申请量和授权量不断增加。高新技术企业如何有效利用知识产权是企业管理者所关心的问题。本文以我国高新技术企业为研究对象,以知识产权运营理论和系统理论为理论基础,提出了对于高新技术企业知识产权运营及运营体系内涵的理解。在分析我国高新技术企业知识产权运营现状基础上,总结了我国高新技术企业知识产权运营存在的问题,同时通过对发达国家高新技术企业知识产权运营特点的分析,得出对我国高新技术企业知识产权运营方面的启示。其次,基于系统观视角分析影响高新技术企业知识产权运营的主要因素和构成关键要素,构建高新技术企业知识产权运营体系。同时将企业内外部知识产权相关资源加以整合,强调体系中各模块要素的协调机制,使得高新技术企业知识产权运营机制在动态运行过程中发挥最大效益。最后,为配合知识产权运营体系的良好运行,本文建立了基于THAHP-FCE的评价模型,对高新技术企业知识产权运营效果进行评价,用以监控知识产权运营体系本身完善程度和执行力度,同时也便于监控和调整知识产权运营中的薄弱环节。根据具体的评价结果针对运营效果薄弱环节进行分析,提出优化建议,以期对提升我国高新技术企业知识产权运营水平有所启发和借鉴,保障我国高新技术企业知识产权运营工作顺利实施。