在动物消化道中，生活着种类繁多、数量庞大的微生物，这些形形色色的微小生命体与宿主相互影响、互利共生，共同构建了宿主体内最庞大也是最复杂的共生生态系统，研究者们称之为肠道微生物区系（gut microbiota）。在与宿主漫长的协同进化过程中，肠道菌群已经成为机体正常的组成部分，并直接参与宿主的肠道发育、营养吸收、能量代谢、免疫应答、信号传导等诸多生理活动。作为动物体内重要的“后天获得性器官”，肠道菌群已经获得了越来越多的关注。尽管目前对于人类和各种家养动物肠道菌群的研究已经比较深入，然而有关野生动物，特别是大型食肉动物肠道菌群的相关信息却非常匮乏。雪豹（Uncia uncia）是一种美丽而神秘的大型猫科动物，生活在人迹罕至的高山、高原地区，被国际自然保护联盟（IUCN）定级为濒危（EN）物种，是我国一级保护野生动物。随着人口数量的增加与牧区的扩展，人类给雪豹带来了生存压力越来越大，致使雪豹生存状况面临极大威胁，数量不断下降，因此对于雪豹的进一步保护和研究亟待开展。目前有关雪豹的研究主要集中在种群保护、遗传多样性以及饲养繁殖等方面，而有关肠道菌群的研究尚未见报道。本文通过构建菌群16S rRNA基因克隆文库和进行系统发育分析，对采集自青海西宁青藏高原野生动物园的4只健康成年雪豹的粪便菌群组成和多样性进行了分析。通过对随机挑取的500个阳性克隆进行测序和检测，共得到339个不同的非嵌合体细菌16S rRNA基因序列。根据97%的序列相似性，这些序列可划分为46个操作分类单元（OTU），其中有27个OTUs（共187条序列，占克隆总数的55.2%）与GenBank和RDP II数据库中已知菌株的16S rRNA基因序列的相似性小于98%，代表着未分类、未鉴定的新菌种。系统发育分析显示，雪豹粪便菌群分属于4个细菌门（phylum），按照所含OTU数目的多少依次是：厚壁菌门（Firmicutes，56.5%of total OTUs），放线菌门（Actinobacteria，17.5%），拟杆菌门（Bacteroidetes，13.0%），变形菌门（Proteobacteria，13.0%）。Firmicutes门包括了半数以上的OTU，是雪豹粪便中多样性最高的类群，而Actinobacteria门则涵盖了40.4%的克隆数，是丰富度最高的类群。进一步的系统发育研究表明，Clostridiales是雪豹粪便微生态系统中最具统治地位的细菌目，占OTU总数的50.0%和克隆总数的24.5%。这一细菌目共有4个科组成：Clostridiaceae I, Lachnospiraceae，Peptostreptococcaceae和Ruminococcaceae，其中Lachnospiraceae科包含了17个OTUs，是多样性最高的类群。将测得序列使用RDP上的CLASSIFIER进行菌种鉴定（模式菌株信息由Bergey’s Trust提供），结果显示雪豹肠道中存在相当种类和数量的潜在致病菌，例如Pseudomonasfluorescens，Pseudomonas aeruginosa，Escherichia coli，Clostridium perfringens等。但同时4只雪豹在临床上都表现的非常健康，并未显示出任何患有胃肠道疾病的迹象，这可能说明肠道潜在致病菌是雪豹肠道菌群的正常组成部分。此外，本实验没有在雪豹肠道中检测出Bifidobacterium属这类重要的肠道益生菌，根据前人研究结果，采用种属特异性引物可能会在雪豹肠道中检测到这一高G+C含量的细菌类群。通过将本文研究结果与人和猫等其它哺乳动物肠道菌群结构进行比较发现，在细菌门的水平上，雪豹与其他哺乳动物的肠道菌群结构特征基本一致，尤其与猫的肠道菌群结构与多样性更为相似，但是在Actinobacteria门和Fusobacteriales门细菌的数量以及分布上存在较大差别。这说明亲缘关系相近的物种有着更为相似的肠道菌群结构，还说明了雪豹的肠道菌群组成与多样性有其独特性。