弓形虫（Toxoplasma gondii）和犬新孢子虫（Neospora caninum）是两种重要的机会致病性原虫。弓形虫几乎可以感染所有温血动物（包括人类）,对人类的生命健康和社会经济造成一定的影响,其终末宿主是猫及猫科动物。犬新孢子虫是一种专性细胞内原生动物寄生虫,其终末宿主为犬及犬科动物,中间宿主范围较为广泛。犬新孢子虫病也是全球范围内的牛繁殖类疾病的主要原因,对现代养殖业和乳品工业的发展造成了一定的影响。尽管目前很多动物已经被证实可以作为弓形虫和犬新孢子虫的中间宿主,但仍旧没有湖南省鸡和鸭感染这两种寄生虫的相关研究。本研究自2018年9月至2020年9月从湖南省5个地区（湘东、湘南、湘西和湘北）随机采集了650份鸡脑组织和588份鸭脑组织,对提取的脑组织进行弓形虫和犬新孢子虫感染现状及弓形虫基因型分布研究:1、湖南省鸡和鸭弓形虫感染现状运用半巢氏PCR,对湖南省鸡和鸭脑组织DNA进行弓形虫B1基因的检测,结果显示:鸡和鸭弓形虫分子阳性率分别为11.1%（72/650）和7.7%（45/588）。使用SPSS22.0（IBM,Chicago,IL,USA）对结果进行分析后发现:季节和性别是影响湖南省鸡弓形虫感染的两个主要因素,年龄和性别是影响湖南省鸭弓形虫感染的两个主要因素。2、湖南省鸡和鸭犬新孢子虫感染现状运用PCR技术,对湖南省鸡和鸭脑组织DNA的犬新孢子虫NC-5编码基因进行分子检测,结果显示:鸡和鸭犬新孢子虫分子阳性率分别为0.5%（3/650）和0.3%（2/588）。对PCR产物进行基因测序、序列拼接和比对后,把结果上传至Gen Bank中得到序列号:MW454870、MW454871、MW454872、MW194292和MW194293。3、湖南省鸡和鸭弓形虫基因型分布研究利用PCR-RFLP技术,对检测出来的72份鸡脑组织和45份鸭脑组织B1阳性样本进行12个基因位点（SAG1、SAG2（5’+3’SAG2,alter.SAG2）、SAG3、BTUB、GRA6、c22-8、c29-2、L358、PK1和Apico）的扩增,结果显示:鸡和鸭分别有2份和1份样本的12个基因位点可全部扩增,鸡弓形虫基因型为Toxo DB#9和Toxo DB#52,鸭弓形虫基因型是Toxo DB#9。综上所述,通过对湖南省鸡和鸭弓形虫和犬新孢子虫进行分子检测,结果表明湖南省鸡和鸭弓形虫感染较为普遍,而犬新孢子虫感染率较低。湖南省鸡和鸭弓形虫基因型比较丰富,其中弓形虫Toxo DB#52是在国内首次报道。本研究结果将为湖南省的家禽弓形虫和犬新孢子虫的的预防和控制提供理论依据。