从1987年9月我国第一家专业性的证券公司成立至今,我国的证券公司已经走过了二十多年的发展历程。伴随着我国经济的腾飞,投资的渠道越来越多,证券公司作为众多投资渠道中的一种备受瞩目。现如今随着证券公司数量的增多,投资者的选择也越来越多,导致证券公司之间的竞争越来越激烈,但是证券公司在规模、营运、风险、效率等方面各不相同,“如何选择券商”是摆在投资者面前的一个难题。本文以符合研究条件的国内88家证券公司作为研究对象,从经营规模、业务能力、营运和盈利能力、成长能力以及风险管理能力等5个方面运用聚类分析的方法将证券公司分为3类,使得类间对象的同质性最大化,类与类间对象的异质性最大化,这样分类的目的是使得研究对象最大限度的满足数据包络分析方法中对样本同质性的要求,进而提升证券公司排名的科学性。聚类分析结果为第一类15家证券公司,第二类34家证券公司,第三类39家证券公司。然后,以资产总额、营业支出以及注册资本为输入向量,以营业收入为输出向量,对研究对象2011-2013年度的数据,运用数据包络分析方法评价同类别的证券公司的运行效率,并依据结果对证券公司进行排名,发现第一类证券公司中宏源证券取代中信证券成为第一名,广发证券仍保持第二名的位置不变,中信证券排在第三名的位置；第二类证券公司中前三甲分别为联讯证券、太平洋证券、民生证券；第三类证券公司中的前三甲分别为恒泰证券、大同证券、华西证券。第三步,针对第一类证券公司运用与《基于DEA的我国上市证券公司效率研究》中相同的效率评价方法、投入与产出指标以及相同的软件处理相同年份的数据,发现相同的证券公司其相对排名存在差异。最后,运用单要素指标法比较分析差异证券公司效率,结果证明,运用聚类分析强化样本同质性以后的数据包络分析的结果更好。因此,对研究对象先进行聚类,获得同质性较高的样本后,再运用数据包络分析方法分析样本的效率并排名,其结果更科学合理,也更具参考价值。