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孤独症谱障碍(ASDs)是一种是由遗传和非遗传因素共同造成的广泛发育障碍综合征，一般在3岁之前发病，主要特征表现为以下3个方面的行为异常：1)社会交往障碍；2)语言交流技巧障碍：3)重复刻板的动作和单一兴趣。遗传因素对儿童孤独症影响很大，一些研究资料表明，与脑部发育或调控神经分化相关基因的缺陷是该疾病的影响因素之一。
另一方面，随着人类基因组序列的绘制完成，后基因组时代的到来，解读基因的功能和研究基因的多态性已经成为目前人类基因组研究的重点，生命科学领域的研究热点正迅速转向对基因功能、表达调控、多个基因间以及基因和环境间相互作用等方面。同时，作为第三代遗传标记的单核苷酸多态性(SNP)凭借其数量多、密度大、分布广等特点成为对基因组序列研究的重要内容之一，在疾病基因的定位与克隆、关联分析等，并在疾病的早期诊断、预防和治疗等方面体现重要功能和应用价值。
本论文是利用基于凝胶固定的基因芯片技术，将SNP的检测应用于儿童孤独症易感基因的研究中，同时对该检测技术的稳定和准确性进行优化，主要内容如下：
1．基于凝胶固定基因芯片技术的优化
实验探讨了丙烯酰胺聚合反应时间对芯片SNP分型的影响问题。比较了0分钟、5分钟、15分钟、50分钟的聚合发生时间的杂交分型结果。结果表明，固定聚合时间为30-50分钟时，固定效果较好。过短的固定聚合时间会对后续的杂交效果产生影响，例如背景噪声过高，点阵偏绿等。
在杂交探针方面，我们对实验使用的探针进行了统计和效果分析。虽然探针的长度都在13nt左右，但由于其C/G含量不同，Tm值也有差别。从杂交的结果图中可以看到，Tm值过低或是过高，不仅会影响到杂交结果图像的质量，同时也会造成对点阵错误的分型。我们对探针的选择作了进一步的要求，选择Tm值在34℃-40℃的探针，保证杂交结果的准确和清晰，并统一大批量实验的杂交温度标准。
2．基于凝胶固定平台的SNP检测技术应用于儿童孤独症候选易感基因的分型
根据近期国内外文献资料，结合实验室前期实验开发的本地数据库，我们初步筛选了GABA系统的GABRB1、GABRB2、GABRA2基因上的5个SNP位点进行SNP的分型检测(rs2351299，rs3832300，rs2617503，rs12187676，rs2119767)。实验选取了南京脑科医院提供的500例样本资料，共涵盖了126个核心家系和120例正常对照。
3．分析SNP分型结果与儿童孤独症的相关性
所有位点的分型结果通过Hardy-Weinberg平衡检验，样本具有群体代表性，并采用case-control和传递不平衡的方法进行统计和遗传学分析。研究得到了以下结果：(1)SNP位点rs2351299 G/G基因型的传递与语言迟缓、语言倒退、强迫症、儿童孤独症评定量表(CARS值)相关(P<0.05)； (2)位点rs3832300的-/-基因型与刻板动作、儿童孤独症评定量表(CARS值)，-/T基因型与多动症状相关；(3)位点rs2617503的A/A基因型的传递与智商、运动协调性障碍、刻板动作这些症状相关；(4)5个SNP位点在家系传递不平衡(ETDT)检测中，p值均大于0.05，与儿童孤独症的发病机制没有关联性。(5)在单倍型分析方面，5个位点也均没有显示相关性。