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基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术是目前一种中高通量的SNPs分型平台，能够显著提高SNP检测的准确性。本研究通过MALDI-TOF-MS技术对13个群体10个候选基因的25个SNPs位点进行扫描检测，对已报道的SNPs的存在与否进行进一步验证。同时以雪山鸡为试验材料，对候选SNPs从DNA变异水平进行了肉品质相关的遗传效应分析，以期为雪山鸡的肉品质性状的分子标记辅助选育提供理论基础。
1、本研究利用飞行质谱分析法对肉质和抗性相关的重要的SNPs在13个群体的504个个体中进行了检测，结果发现25个SNPs中的SNP2、SNP6、SNP9、SNP10、SNP19和SNP22不属于先前报道的多态位点，其余的19个为有效SNPs。
2、雪山鸡ADSL基因SNP1、GARS-GART-AIRS基因SNP5、AIRC基因SNP7、PURH基因SNP11、UCP基因SNP12等5个SNPs同部分常规肉品质指标显著相关。ADSL基因的SNP1基因型与腿肌剪切力显著相关，CT型个体极显著高于CC和TT型个体(P＜0.01);GARS-GART-AIRS基因的SNP5基因型与胸肌系水力显著相关，TT型个体极显著高于CC和CT型个体(P＜0.01);AIRC基因的SNP7基因型与胸肌剪切力显著相关，TT型个体显著高于TC型个体(P＜0.05);PURH基因的SNP11基因型与腿肌pH值显著相关，TT型个体显著高于TC型个体(P＜0.05);UCP基因的SNP12基因型与腿肌pH值显著相关，TC型个体显著高于TT和CC型个体(P＜0.05)，TT和CC型个体之间差异不显著(P＞0.05)。
3、AIRC基因SNP7以及GARS-GART-AIRS基因SNP4、SNP5与胸肌肌苷酸含量显著相关(P＜0.05)，SNP7中发现TC杂合型个体胸肌肌苷酸含量显著高于TT型个体(P＜0.05);SNP4中发现CC型个体胸肌肌苷酸含量显著高于AA和AC型个体(P＜0.05)，AA和AC型个体之间差异不显著;SNP5中发现TT型个体胸肌肌苷酸含量极显著高于CC和CT型个体(P＜0.01)，CC和CT型个体之间差异不显著。腿肌肌苷酸含量同胸肌肌苷酸含量的变化趋势一致，但是差异并不显著，初步认为这些SNPs应是肌肉肌苷酸含量的候选标记。
4、雪山鸡A-FABP基因SNP13与腿肌肌内脂肪含量显著相关(P＜0.05);THRSP基因SNP14与胸肌肌内脂肪含量达到了显著关联水平(P＜0.05)。SNP12(UCP基因)、SNP13、SNP14三个位点与部分胸肌、腿肌脂肪酸含量达到了关联显著水平(P＜0.05)。在胸肌中发现，SNP12的TT型个体中胸肌C18:1n9c含量、C18∶2n6c含量均显著高于TC和CC型个体(P＜0.05);在腿肌中发现，SNP12的TT型个体的C16∶0含量显著高于TC和CC型的个体(P＜0.05);SNP13中发现TT型个体胸肌C16∶0含量显著高于CT和CC型个体(P＜0.05);SNP14的GA杂合型个体中胸肌的C16∶0含量、C18:1n9c含量、C18∶2n6c含量均显著高于GG和AA型个体(P＜0.05)。初步认为UCP基因、A-FABP基因和THRSP基因是肌肉脂肪性状的候选标记。
5、单倍型分析结果显示，雪山鸡ADSL和GARS-GART-AIRS基因单倍型H7H8(TTCCCT)个体的胸肌肌苷酸含量显著高于其他型个体(P＜0.05)，表明H7H8型个体可能是肌苷酸含量的优势个体;UCP和THRSP基因构成的单倍型对肌内脂肪和脂肪酸含量达到显著影响(P＜0.05)，H3H4(TTAG)单倍型性状优于其它单倍型。