目的（1）基于TMT蛋白质组学研究技术,寻找与脑卒中预后相关的蛋白质标志物;（2）探究脑卒中后早期变化的蛋白质是否能作为构建脑卒中功能预后的预测模型。方法本研究选取自2018年9月至2020年7月在福建医科大学附属第一医院康复医学科住院确诊为脑卒中的患者,脑卒中诊断符合中国脑卒中诊断标准,且经过头颅CT或头颅磁共振扫描证实。根据纳入及排除标准筛选后共纳入70人。所有入组病人在发病一个月内抽取血标本,并在入院7天内及发病后6个月对患者进行功能评估。以m RS量表评估患者6个月后的功能状态,将患者分成两组,m RS≤2分为预后良好,m RS>2分为预后不良。采用蛋白质组学技术分别检测这两组病人入院血标本,寻找其中的差异蛋白,对所得数据进行蛋白质聚类分析、蛋白质主成分分析、Gene Ontology功能注释（GO）、蛋白质Pathview分析、蛋白质相互作用（PPI）网络分析等处理后,建立脑卒中功能预后预测的模型。结果1.比较两组患者的临床基线特征资料,预后不良的患者年龄（61.771±10.071）显著高于预后良好的患者年龄（55.029±10.910;P=0.009）;预后不良的患者入院时Fugl-Meyer（12[IQR 8-3];P=0.001）显著低于预后良好的患者（40[IQR 20-61]）。其他基线特征无显著差异,在校正潜在混杂因素后,两组年龄（P=0.003）及入组时Fugl-Meyer得分（P=0.001）均与结局预后显著相关。2.经蛋白质组学技术分析两组样本,共得到22个差异蛋白,其中15个蛋白表达上调,7个下调。上调的蛋白质有谷胱甘肽过氧化物酶3、维生素D结合蛋白、CD44抗原、富含半胱氨酸的分泌蛋白3、凝血酶原、纤溶酶原、载脂蛋白A-Ⅱ、α-2-HS-糖蛋白、载脂蛋白B-100、胆碱酯酶、补体C2、糖皮质激素结合球蛋白、肌动蛋白结合蛋白、备解素、载脂蛋白F。下调的蛋白有凝血因子B、载脂蛋白L1、CD5抗原、免疫球蛋白J链、Igκ链Ⅴ-Ⅲ区B6、免疫球蛋白重链恒定区、甘露糖结合蛋白C。3.对差异蛋白经行GO二级注释分析、GO富集分析、聚类分析、KEGG通路富集结果、蛋白互作用网络等一系列分析,发现与预后差异相关的蛋白质涉及26项生物学过程,主要包括先天免疫应答、蛋白质水解、受体介导的内吞作用、补体激活经典途径、补体激活、白细胞迁移、脂蛋白代谢过程等;13项细胞组分,主要包括内质网腔、细胞质、细胞外泌体等;11项分子功能主要包括丝氨酸型内肽酶活性、脂质转运、胆固醇转运、磷脂酰胆碱结合等。4.临床基线特征模型AUC为0.789（95%CI 68.4%-89.3%）,灵敏度为65.7%,特异度为65.7%,差异蛋白质模型AUC为0.864（95%CI 78.2%-94.5%）,灵敏度为77.1%,特异度为74.3%,临床基线特征模型联合蛋白质模型AUC为0.910（95%CI 84.1%-98%）,灵敏度为85.7%,特异度为85.7%。经比较可知将差异蛋白质加入临床基线特征模型中可改善脑卒中功能预后预测模型的效能。结论二组之间的差异蛋白大多与炎症反应、胆固醇代谢、补体及凝血级联有关,表明这些过程参与了脑卒中的病理生理学过程。将显著差异蛋白质加入到临床基线特征模型中可以改善其对脑卒中预后预测的敏感性和特异性。为了更好地对脑卒中患者进行危险分层,需要在更大的患者群体中进行进一步的验证。