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河鲈（Perca fluviatilis）和梭鲈（Sander lucioperca）分布在欧洲及亚洲北部流域中,生长速度快,营养价值高,属于珍贵的淡水鱼种,在我国主要分布于西北地区的新疆乌伦古河与额尔齐斯河流域,后经人为引进或扩散,目前在我国东北地区的河流、湖泊以及宁夏腾格里湖等也有分布,加强对其野生种质的监测,了解遗传现状,对其保护和合理地利用有重大意义。本研究利用微卫星及线粒体部分基因序列分别对4个新疆野生河鲈群体及5个梭鲈野生群体进行遗传多样性分析。主要研究结果如下:以乌伦古湖（WL）、吉力湖（JL）、乌伦古河（WR）和喀拉额尔齐斯河（KR）群体共268个河鲈样本为研究对象,通过微卫星标记分析遗传多样性。根据基因组数据,共筛选和设计了98425对微卫星引物。二核苷酸微卫星最丰富（78.17%）,其次是三核苷酸（10.66%）、四核苷酸（8.9%）和五核苷酸重复微卫星（2.27%）。合成了200对四核苷酸重复微卫星引物,有152对引物扩增出清晰的条带。从中选择了29个多态性标记来分析新疆河鲈的遗传多样性。结果显示,29个微卫星标记的多态信息含量（PIC）在0.225-0.901之间,平均为0.680,其中23个标记具有高度多态性（PIC＞0.5）。群体多样性结果表明,WL群体的等位基因数（Na=11.172）和有效等位基因数（Ne=5.018）值最高。KR群体的Na（4.621）和Ne（2.563）值最低。JL群体Ho（0.716）和He（0.749）最大,KR群体观测杂合度（Ho=0.510）和期望杂合度（He=0.518）值最小。WL、JL、WR群体具有高度多态性（PIC＞0.5）,而KR群体具有中度多态性（0.25＜PIC＜0.5）。4个群体之间的遗传分化系数(Fst)为0.074,表明新疆种群之间存在中等程度的遗传分化。分子方差分析（AMOVA）表明,6.75%的遗传变异产生于种群之间。基于遗传距离的聚类树和遗传组分分析表明,四个地区的河鲈明显分为三支,WL和JL为一支,WR为一支,KR为一支。利用线粒体CO I、Cyt b和D-loop 3个区段序列再次分析4个河鲈群体的遗传多样性,并与欧洲群体进行了比较。结果显示,新疆4个群体的线粒体CO I、Cyt b基因和D-loop区序列分别有3、10和10个变异位点（分别占序列总长的0.49%,0.90%和1.92%）,定义了4、11和11个单倍型,单倍型多样性分别为0.065±0.022、0.276±0.049和0.186±0.046,核苷酸多样性分别为0.00011±0.00004、0.00033±0.00007和0.00084±0.00013,呈现出低水平遗传多样性。中国新疆河鲈群体和欧洲群体不存在共享的单倍型,单倍型聚类树和网络图也表现出明显分隔,两者为不同的遗传系谱。中国新疆乌伦古河水系的WL、JL和WR 3个群体基于Cyt b基因和D-loop区序列估计群体间变异分别为-0.005%和0.44%,Fst为-0.00045和0.00436,处于低程度分化(Fst＜0.05),两两群体间的遗传分化程度较低(Fst=-0.01158～0.01803),遗传交流多,为同一个遗传系谱,尤其是两湖之间存在共享单倍型,Fst均为负值,基因交流频繁,无遗传分化;喀啦额尔齐斯河（KR）与乌伦古河水系共4个群体基于CO I基因估计群体间变异为1.57%,Fst为0.01568,但KR群体与WL群体处于中度遗传分化(Fst=0.06614＞0.05),KR与WR群体处于高度遗传分化(Fst=0.24627＞0.15)。以乌伦古湖（UL）、腾格里湖（TL）、黑龙江（HR）、乌苏里江（WR）和兴凯湖（KL）5个群体242个梭鲈样本为研究对象,通过微卫星分析群体遗传多样性。共设计了92,162对梭鲈微卫星引物。其中,二核苷酸重复的微卫星最为丰富（81.47%）,其次是三核苷酸（8.21%）、四核苷酸（7.59%）和五核苷酸重复微卫星（2.73%）。在合成的200对引物中,有122对表现出明显的多态性。选择了30个多态性标记分析从中国采集的5个梭鲈群体。结果显示,群体平均Na和Ne分别为2.333（WR）～7.800（UL）和1.787（KL）～4.435（UL）,PIC为0.304（KL）～0.715（UL）;UL、TL、HR群体具有高度多态性（PIC≥0.5）,WR和KL群体具有中度多态性（0.25≤PIC＜0.5）。使用AMOVA估计的Fst值为0.207,表明各群体之间处于中度遗传分化水平。UPGMA聚类树和Structure结构分析表明,5个梭鲈群体基本上分为两个遗传单元,UL、TL和HR为一组,KL和WR为一组;UL、TL和HR三个种群与KL和WR两个群体有高度分化。利用线粒体Cyt b基因全长序列再次分析5个梭鲈群体的遗传多样性,并与欧洲群体进行了比较。结果共检测到3个变异位点（占序列总长的0.26%）,定义了3个单倍型,单倍型Hap1和欧洲单倍型Hap A完全相同,为5个群体的共享单倍型。单倍型多样性在0～0.516±0.024之间,核苷酸多样性在0～0.00136±0.00006之间,WR和KL这两种参数均为0,遗传多样性很低,而TL、HR和UL梭鲈群体遗传多样性水平较高。AMOVA分析结果表明24.84%的遗传变异来自群体间(Fst=0.24843),说明5个群体处于中度遗传分化。两两群体间Fst表明UL、TL和HR 3个群体间的遗传分化较低(Fst＜0.05),WR和KL 2个群体间Fst=0,分化程度低,但UL、TL和HR 3个群体和WR和KL 2个群体两两组之间的Fst较大(Fst＞0.25),处于高度遗传分化。遗传距离和遗传相似度也表现出同样的分化现状。